SMP Fullday Al-Muhajirin yang dibuka pada tahun ajaran 2011 - 2012 mengusung konsep full day, dimana interaksi antara siswa, guru dan lingkungan lebih intens dan lama. Dengan konsep full day di mana siswa berada dalam lingkungan sekolah lebih dari 9 jam perhari bisa mendapatkan nilai lebih baik dari materi pembelajaran, kegiatan pengembangan dan pembiasaan keagamaan dan pembinaan akhlak.
SMP Fullday Al-Muhajirin memadukan beberapa kurikulum untuk menunjang proses pembelajaran. Kurikulum nasional sebagai dasar. Kurikulum muatan lokal yang disesuaikan dengan lingkungan. Kurikulum khas kepesantrenan yang merupakan ruh, sehingga siswa SMP Fullday Al-Muhajirin tetap mendapat materi kepesantrenan meskipun tidak mondok.
Terwujudnya murid yang berakhlak mulia, bernalar kritis, kreatif, dan unggul dalam prestasi serta adaptif terhadap teknologi digital berbasis nilai keislaman.